شرکت هواپیمایی کیش با هدف توسعه فعالیت‌های جزیره زیبای کیش، از طریق برقراری ارتباط با مراکز استان‌های کشور و اتصال به کشوهای حاشیه خلیج همیشه فارس درسال 1370 تاسیس شد. این شرکت پس از ثبت و دریافت مجوزهای قانونی به عنوان یکی از شرکت‌های تابعه سازمان منطقه آزاد کیش و در قالب یک شرکت سهامی خاص، فعالیت خود را از خرداد ماه همان سال با دو فروند هواپیمای اجاره‌ای شروع کرد.

 پس از طی دوره تاسیس و راه‌اندازی، از اواخر سال 1372 با تغییر استراتژی و رویکرد شرکت، به کارگیری متخصصان کارآزموده و رعایت اصل صرفه‌جویی و فعالیت مداوم سبب شد تا شرکت در مدت کوتاهی ضمن رفع مشکلات، به پیشرفت‌های قابل ملاحظه‌ای در زمینه بازرگانی، عملیات، فنی، خدمات فرودگاهی و پشتیبانی دست یابد که تحقق چنین اموری، بستر مناسبی را در جهت رشد و سازندگی فراهم آورد.

همزمان با گذراندن موفقیت آمیز دو دوره ابتدایی، دوره سوم به نام مرحله بازنگری و شکوفایی شرکت، از اواخر سال 1376 و با تغییر مجدد مدیریت، آغاز شد. کیش ایر در این زمان، 10 فروند هواپیمای اجاره‌ای شامل هواپیمای یاک 40 و توپولف 154 در اختیار داشت که با تغییر سیاست‌های ارزی بانک مرکزی، عدم واگذاری ارز دولتی و افزایش نرخ ارز برای شرکت‌های هواپیمایی، امکان نگهداری و انجام حداقل ساعت پرواز تعیین شده برای آنها عملی نبود. لذا به منظور پیشگیری از ضرر و زیان احتمالی، تعداد هواپیماهای اجاره ای کاهش و درعوض، ساعت پرواز هواپیماهای باقیمانده افزایش یافت.

 از این مرحله می توان به عنوان آغاز دوره چهارم، یعنی اتخاذ استراتژی نوینی برای خروج از بحران مربوطه یاد کرد.

عدم هماهنگی شرکت‌های غیردولتی به منظور خرید هواپیما و فشارهای ناشی از نرخ بالای اجاره بها با تغییر نرخ ارز سبب شد تفکرخرید هواپیما در کیش ایر بیش از پیش دنبال شود.

افق بلند شرکت در جهت استقلال کامل، کارآفرینی و ارتقا ایمنی، از دیگر شاخص‌هایی بود که کیش ایر را به خرید هواپیما، استفاده از خدمه پروازی ایرانی به جای خدمه پروازی خارجی و انجام امور مهندسی تعمیرات در داخل تشویق می‌کرد.

این امر اگرچه وقت گیر، پرهزینه و پرزحمت بود؛ ولی نتیجه مثبت در ابعاد مختلف، به ویژه اقتصادی برای شرکت، سازمان منطقه آزاد کیش و کشور در برداشت.

اکنون نیز در مرحله پنجم از تاریخچه کیش ایر، مدیریت محترم شرکت توانسته است سیاست استراتژی نوین خویش را به مرز بلوغ برساند که ثمره آن را می توان افزایش ناوگان ملکی و نیز جایگزینی هواپیماهای مدرن و به روز به جای ناوگان قبلی دانست و در حال حاضر این شرکت دارای 7 فروند هواپیمای جت مکدانل داگلاس  MD-82و MD-83 و 2 فروند هواپیمای جت فوکر F100 و 2 فروند ایرباس مدرنA321  می‌باشد.

این شرکت در حال حاضر، با تمام خصوصیات و استانداردهای لازم بین‌المللی، یکی از شرکت های عضو IATA و اولین شرکت داخلی دارنده گواهینامه  IOSAاست.

پرسنل و متخصصان هواپیمایی کیش، با آگاهی از نقش آفرینی خویش در ارائه خدمات به مشتریان، تمایل جدی خود را در راه رسیدن به اهداف عالی شرکت به کار گرفته و توانسته‌اند در سایه الطاف خداوند متعال، در گام نخست، محیطی صمیمی و دوستانه را برای خود و به تبع آن در گام بعدی، جلب رضایت مسافران را حاصل کنند.