اين شركت به عنوان اولين فعال در عرصه صنعت هوايي كشور،  ابتدا با هدف پشتيباني از عمليات اكتشاف،  استخراج و توسعة عملياتي در مناطق نفت خيز جنوب فعاليت خود را در سال 1305 با نام خدمات هوايي آغاز نموده، سپس از واحدي تحت مديريت مناطق نفت خيز به صورت شركتي مستقل ارتقاء يافته و به عنوان شركت حمل و نقل هوايي ايران – نفت، زير مجموعة شركت ملي نفت ايران  قرار گرفت.

با پيروزي انقلاب اسلامي ايران و خروج كارشناسان و متخصصان خارجي از كشور در سال 1357 ومتعاقب آن آغاز جنگ تحميلي،  بخش وسيعي از كشور به ويژه مناطق نفت خيز جنوب و شهر آبادان (محل اصلي شركت) زيرآتش دشمن قرارگرفت ؛  درآن شرايط بحراني مهندسان، خلبانان، كارشناسان وكاركنان اين شركت درحركتي خودجوش و ايثارگرانه موفق شدند هواپيماها، تجهيزات و ادوات مربوطه را ازآبادان به آغاجاري منتقل نموده و بدون نياز به متخصصان خارجي در فعاليتي نوين علاوه بر عمليات پروازي اقدامات ارزشمند ديگري  همچون جابجايي مجروحين و امداد رساني به رزمندگان را در كارنامة خود به يادگار بگذارند ، لذا پس از پايان جنگ و به منظور ارائه خدمات مطلوب پايگاه عملياتي شركت درشهر اهواز مستقر گرديد.

در سال 1379 سهام شركت به صندوق بازنشستگي كاركنان صنعت نفت واگذار و به شركت هواپيمايي نفت ايران تغيير نام داد، نهايتاً اين شركت درسال 1395 باهدف توسعة ناوگان و معرفي خود به عموم و ارائه خدمات مطلوب تر به تمامي آحاد جامعه نام خود را به  شركت هواپيمايي كارون  تغيير داد.

از افتخارات شركت هواپيمايي كارون اين است كه ،  از ابتداي تأسيس تا به امروز داراي ضريب بالاي ايمني در پروازها بوده،  به گونه اي كه تاكنون هيچ سانحه ايي در سوابق خود نداشته و بر اساس آمارهاي جهاني  ايمن ترين شركت هواپيمايي خاورميانه لقب گرفته است.

از ديگر افتخارات شركت هواپيمايی كارون تدوين برنامة ده ساله با افق 1404 مي باشد كه موجب باقی ماندن بر سكوی نخست ايمنی پرواز در خاورميانه و استفاده از تمامی توان و قابليت هاي تخصصی و فنی بر اساس برنامه های تنظيم شده به منظور رسيدن به جايگاه بالاتر در صنعت هوانوردی كشور خواهد گرديد.

هم اكنون شركت هواپيمايي كارون همچون گذشته علاوه بر خدمت رساني به كاركنان شركتهاي تابعه وزارت نفت، همانند ديگر خطوط هوايی كشور در حال خدمت رساني به هموطنان عزيز  از طريق سامانه های فروش بليط  و دفاتر خدمات مسافرتی و جهانگردی طرف قرارداد  ميباشد .